Regarder la généalogie de l’évolution depuis la maison – ScienceDaily

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L’évolution laisse ses traces – en particulier – dans les génomes. Identifier son influence est un processus laborieux – mais dans lequel le Dr Jürgen Schmitz et son équipe de l’Université de Münster sont chez eux. Il y a cinq ans, l’équipe a rendu publique une application Web qui permet de comparer les génomes des humains et des animaux et ainsi aider à fournir une compréhension des développements évolutifs. Les chercheurs de Münster vont maintenant plus loin: leur nouveau logiciel – “2-n-way” – peut comparer tous les génomes de et pour n’importe qui et rechercher systématiquement des régions qui se caractérisent par la présence ou l’absence de certaines séquences – ou, pour le dire simplement, ce qui manque et où dans le génome et quand il s’est perdu ou quand il a émergé. Cela permet de reconnaître les relations entre espèces ou individus. Les chercheurs de Münster ont maintenant publié les détails de leur nouveau développement – qui, comme son prédécesseur – est disponible gratuitement sur Internet – dans la revue Recherche génomique.

Jürgen Schmitz, biologiste et zoologiste à l’Institut de pathologie expérimentale de la faculté de médecine de l’Université de Münster, a dirigé l’étude avec le Dr Gennady Churakov et représente pour lui une “opportunité unique et tournée vers l’avenir d’examiner de près la mutabilité de plusieurs génomes. ” Cela signifie que non seulement les évolutions du génome peuvent être analysées, mais également l’apparition de maladies génétiques résultant de délétions ou d’insertions – c’est-à-dire la perte d’un segment d’ADN ou l’insertion d’un nouveau. La différence décisive entre le nouveau modèle et son prédécesseur, GPAC – qui a été utilisé des centaines de milliers de fois depuis son activation – est que la 2-n-way peut séquencer n’importe quel nombre de génomes. «L’outil est une réponse à l’ère de la génomique moderne – et c’est un logiciel qui, malgré sa complexité, peut être utilisé par n’importe qui, que ce soit un profane non médical, un étudiant ou un professeur. Dernier point mais pas au moins, l’outil relie un très large éventail de domaines, tels que l’évolution, la génétique des populations et la médecine », déclare Schmitz.

Le terme «2-n-way» est dérivé de deux abréviations utilisées par les spécialistes: «2-way» signifie l’alignement linéaire des séquences à comparer; et “n-way” signifie la combinaison de composants individuels et la comparaison multiple ultérieure. Mais les utilisateurs n’ont pas besoin de connaître ces informations de base. “Ils n’ont qu’à télécharger sur Internet les génomes qu’ils souhaitent comparer. Une source, par exemple, est le site Web du National Center for Biotechnology Information (NCBI) aux États-Unis. Les génomes introduits dans 2-n-way sont alors alignés les uns sur les autres par le logiciel. Les gènes qui présentent un intérêt particulier sont sélectionnés parmi les «coordonnées» génomiques – ou «locus», pour leur donner leur propre terme technique. «La recherche peut être orientée par exemple vers certains ou tous des gènes dits sautants, c’est-à-dire des gènes qui ont changé leur position dans le génome », explique Schmitz.

Si par exemple une recherche est faite pour certains gènes sautants chez l’homme, le chimpanzé ou le singe rhésus, les résultats sont donnés dans un tableau avec “plus” et “moins”. Si l’évaluation contient deux découvertes et une lacune exacte chez le singe rhésus, alors la conclusion est que les humains et les chimpanzés ont hérité du gène sautant d’un ancêtre commun et sont donc étroitement liés – tandis que le singe rhésus affiche toujours le locus d’origine sans aucun l’insertion et n’est donc que de loin liée. Cependant, le logiciel indique non seulement si une certaine insertion est présente, mais également la région dans laquelle elle se trouve. En plus du tableau des corrélations, 2-n-way fournit également à l’utilisateur une liste de séquences d’ADN pour tous les loci.

Si le nouvel outil vient tout juste d’être rendu public, l’équipe de chercheurs est déjà tournée vers l’avenir – travaillant sur la simplification de la création individuelle des 2 voies, c’est-à-dire l’alignement. “C’est un processus qui, pour le moment, peut prendre beaucoup de temps – ce qui est un peu ennuyeux”, déclare Schmitz. Sinon, commente-t-il, l’outil “a été testé de manière intensive et est absolument parfait”.

Source de l’histoire:

Matériaux fourni par Université de Münster. Remarque: le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.

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